Džamiju, kao i obližnju medresu devastirale su 1993. srpske trupe, a do temelja je srušili HVO i HV.
Šišman Ibrahim-pašina medresa u Počitelju uskoro će ponovo zasijati.
Ovaj vrijedni objekat islamske i boosanskohercegovačke arhitekture decenijama je bio zapušten i predmet sporenja.
Netom nakon kraja rata, mahinacijama lokalnih moćnika u Čapljini i Mostaru, Medresa je predata u ruke lokalnih silnika.
Sva nastojanja lokalnih Bošnjaka, a posebno Islamske zajednice, nailazila su na britalna odbijanja lokalne birokatije.

Nakon niza peripetija, nakon dugogodišnje pravne bitke, Šišman Ibrahim-pašina medresa vraćena je u vlasništvo Islamske zajednice.
Prije dvije godine i nju, kao i širi prostor oko nje u Počitelju, pokušala je obnoviti Evropska unija.
Zbog opstrukcija tadašnjih vlasti Čapljine i laži gradonačelnika Smiljana Vidića (HDZ), projekat je propao.
Na zahtjev muftije mostarskog dr. Salem-ef. Dedovića i uz predan angažman ministra za raseljena lica i izbjeglice Vlade entiteta F BiH Nerina Dizdara (SDP) za obnovu i uređenje medrese odobreno je 150.000 KM.

Iako taj iznos neće u cjelosti moći pokriti planirane radove, dovoljan je da medresa dobije stari sjaj.
Šišman Ibrahim-pašina medresa je jedan od najznačajnijih kulturno-historijskih i obrazovnih objekata u Hercegovini.
Tokom agresije, 1993. godine, medresa je, a posebno obližnja istoimena džamija, pretrpjela teška razaranja.
Najprije je oštećena uslijed granatiranja srpskih snaga. Potom su je devastirali pripadnici hrvatskih formacija - Hrvatskog vijeća odbrane i Hrvatske vojske. Džamija je do temelja srušena, uključujući i njenu poznatu vitku munaru.
Medresa, kao i džamija, sagrađene su tokom 15. vijeka. Graditelj je bio Ibrahim-paša, koji je tada iz Počitelja odveden u Istanbul da služi Otomanskom carstvu. Vinuo se do pozicije paše, ali svoj dom nije zaboravio.

Džamija je obnovljena, a sada će zasijati i medresa, poznata i po svojim brojnim impresivnim kupolama.